Помимо миграций рода Homo по миру, возникали локальные подвиды, которые вполне были жизнеприспособленными.
Денисовцы, скорей всего, не были автохтонным населением тех мест (Алтай), скорей всего, это укоренившийся и продолживший собсвенное дальнейшее развитие пришлый вид. Так, или иначе, следы денисовского генома находят в геноме китайцев и населения Папуа-Новой Гвинеи (правда, незначительные).

Что касается неандертальцев, то тут несколько версий, лично мне кажутся более реалистичными и оправданными следующие (или их совокупность):
1) некое отличие в строении верхних конечностей и плечевого пояса, не позволявшие неандертальцу а) призводить более продвинутые каменные орудия, отвечающие требованиям все усложняющихся условий жизни; б) пользоваться метательными орудиями - копьями и т.д., а стало быть, заведомая сдача пищевых позиций более приспособленному сапиенсу.
2) до сих пор нет однозначных доказательств, что неандерталец обладал речью. В то время, как его сосед сапиенс уже имел вполне развитую "вторую сигнальную систему", а стало быть и более продвинутое строение общества. А так же, мог, благодаря речи устраивать более скоординированную охоту (либо войну, против того же неандертальца.

Как показывает генетика, если даже и были попытки скрещивания между сапиенсами и неандертальцами, потомства у них быть не могло - между геномом С и Н гораздо больше различий, чем между геномами С различных рас. И, если не ошибаюсь, с шимпанзе у нас меньше различий, чем с неандертальцем.
А вот следы повреждений костей неандертальца от метательного орудия имеются - а если верить устоявшемуся среди археологов и антропологов мнению, что только сапиенс умел метать копья - то картина вырисовывается мрачноватая для неандертальца. Не говоря уж о находках в Крапине - неандертальских костях со следами каннибализма, составивших меню тамошних сапиенсов-кроманьонцев...