В современной физике известно - деление протона не обнаружено.

В КХД говорится... что протон состоит из кварков слепленных чем-то. Это в корне не верное утверждение. Правильнее говорить - протон в КХД описывается с использованием кварков. Примерно также описывается предмет, например, в декартовой системе координат.
Кварки в КХД это базис на основе которого идет описание.

В Субстанциальной теории атома базисом являются электрически и магнитный субстанциалы.

В КХД протон составной, но при этом имеет нулевой размер. Но экспериментальная физика знает размер протона.

В Субстанциальной теории атома с размером все нормально, это часть теории.
Протон не только имеет размер, но явно должен иметь и некую форму, отличную от шарика.

Есть предположение, что форма его яйцевидная. Экспериментальная физика, что знает про размер протона, может это проверить.