Принципиально новый орган мог выполнять до этого другие функции, так что с этапом 2-4 все в порядке. Посмотрите тут.
Либо мог зародиться несовершенный орган, тем не менее работоспособный, который затем "допиливался". Ссылка
Еще посмотрите ролик про слепого часовщика. И вообще настоятельно рекомендую Вам этот сайт, в нем содержится много интересного об эволюции.

Вообще-то гены уже материя, а с их точки зрения эгоизм именно нечто "нематериальное". А представление о человеке как венце творения никто у них не убирает... кто и где отказывается от материи я не знаю... и вообще большего ответа невпопад, чем ваш,  и вообразить нельзя... Вы наверное хотели представить альтернативный, принципиально иной взгляд?

Неа, я уже понял, что Вы из современного искусства,  отвечаете так, как Кандинский рисовал: покажешь Вам что-нибудь, а Вы нарисуете в ответ такое, ну что поделаешь, Вы так видите...      Поэтому я не буду обсуждать с Вами роботов и законы робототехники... Кстати, не забудьте спросить у Леца про кибернетику.

Принято. Переходим к конкретике с привязкой к реальному течению времени , а не скачками в миллионы лет.
Предлагаю рассмотреть пример - предок бабочки - бабочка.
Факты.
У предка бабочки - отсутствие хоботка (жвалы), у бабочки - хоботок.
Конструкция хоботка принципиально отличается от конструкции жвал.

И тут начинаются вопросы.

Этапы появления хоботка -

1. 1 поколение - запись в ДНК
2. 2 поколение - появление полностью сформированного органа или появление некого зачатка с микронными размерами? Если второе , то какие функции выполнял зачаток, почему он был выгоден в борьбе за выживание?
Каким образом орган формировался без учета физических/химических параметров пыльцы и особенностей строений и цикла цветения цветков?

И вы должны понимать , что переходных форм бабочек с недохоботком должно быть на порядки больше, но в янтаре мы этого не наблюдаем?