На поверхности белковой молекулы (ферменты имеют подобную структуру) имеются группы с различными хим.свойствами. Впрочем, читайте сами:
Выяснение механизмов действия ферментов во всех деталях – дело будущего, однако некоторые важные их особенности уже установлены. Каждый фермент имеет один или несколько активных центров, с которыми и связывается субстрат. Эти центры высокоспецифичны, т.е. «узнают» только «свой» субстрат или близкородственные соединения. Активный центр формируют особые химические группы в молекуле фермента, ориентированные друг относительно друга определенным образом. Происходящая так легко потеря ферментативной активности связана именно с изменением взаимной ориентации этих групп
http://www.krugosvet.ru/enc/nauka_i_tehnika/biologiya/FERMENTI.html
и даже:
http://www.sciteclibrary.ru/rus/catalog/pages/8612.html

Вы, наверное, читали это: http://www.sciteclibrary.ru/rus/catalog/pages/9551.html
язык здесь вполне понимаемый даже для меня.
Смысл проблемы мне представляется в отсутствии понимания (и представления в каком-то осязаемом виде) собственно момента и процесса кодирования информации о будущем виде белков, органов, их взаимодействия. То есть, мы не знаем «их» языка. Вот, например, Техник строит баню. Хоть чугунными буквами вылить слова «баня», хоть сказать, написать на бумажке, все русскоязычные поймут, что Техник строит термы Каракаллы или избушку у пруда, но все равно это будет баня, а не депо или стадион.
И если древний язык ДНК выдал код «глаз», то организм начинает собирать именно глаз, пусть у насекомого или мыши. Для уточнения программы используются соответствующие постановления ЦК ДНК.
Влиянием гравитации трудно объяснить формирование органов у живущих в воде организмов.