Учитывая, что французы производили многокилотонные взрывы на высоте около полу-километра, а корабль находился на расстоянии несколько десятков километров - очевидно, что ударный фронт, упавший вертикально вниз, затем десятки километров шёл к кораблю по более плотной среде - т.е со скоростью в несколько раз большей, чем ударный фронт, проходящий то же расстояние по воздуху.
Вот это и были два удара: первый - быстро пришедший по воде, второй - медленный воздушный, с некоторым захватом только поверхности воды.
Абсолютно тоже самое происходит при обычных, достаточно мощных, взрывах на суше: сначала, обычно, в обстановке сельской пасторали - под птичьи трели и порхание бабочек, - совершенно беззвучно в небо поднимается бурая корона, величиной с небоскрёб; спустя какое-то время, под тихий стрекот кузнечиков, земля бьёт в пятки (а если почва болотистая - начинает качать, как морячка в шторм); и только после этого прилетает оглушающий "БУ-У-УХ" - и тебя, словно матрацем, валит с ног.
Странно, что у вас целый корабль ученых не знал таких простых вещей. Наверное, это было засекречено КГБ 8)