У него уже были сложившиеся взгляды на основные проблемы генетики и эволюции, и он не торопился перенять представления «первого апостола», хотя признавал, что книга Бэтсона «Проблемы генетики» «многих из нас заставила коренным образом переменить свои воззрения».
Бэтсон сомневался во всём.
Он сомневался в основных положениях теории Дарвина, хотя сам разрабатывал проблемы эволюции и образования видов.
Вавилов никогда не противопоставлял законы генетики теории естественного отбора.
Бэтсон долго не принимал хромосомную теорию Моргана, которая объясняла им же открытые «странности» в поведении потомства гибридов.
Вавилов её принимал — сначала с некоторыми оговорками, потом — после посещения в 1921 году моргановской лаборатории — полностью.
Теорию мутаций Гуго де Фриза Бэтсон также критиковал. Вавилов же, судя по его актовой речи 1912 года, считал внезапные изменения генов непреложной истиной, а потом в течение ряда лет предпочитал не говорить о мутациях, видимо, не определив по этому вопросу своей позиции. Казалось бы, тут очевидно влияние Бэтсона.
Но на деле всё было сложнее.
Выдающийся голландский учёный Гуго де Фриз, разрабатывая мутационную теорию, основывался, кроме косвенных данных, на своих опытах с растением энотерой (Oenothera). Это декоративное садовое растение, его цветки — жёлтые, белые, красные, голубые — распускаются с заходом солнца и светятся, как маленькие фонарики, отсюда его второе название: ночная свеча. (Есть и третье — ослинник.) Род энотера очень разнообразен, в нём насчитывается до сотни видов.
В редких случаях Гуго де Фризу удавалось обнаруживать у отдельных растений признаки, которых не было у их родителей. Причём признаки эти оказывались стойкими: в последующих поколениях они не исчезали, то есть передавались потомству. Из этого и следовало, что задатки наследственности (тогда их ещё не называли генами) в редких случаях могут скачкообразно изменяться.
Бэтсон, с присущим ему умением «вскрывать ошибочность представлений», обратил внимание на то, что энотера — неудачный объект для обоснования такой теории. При размножении энотеры часть растений оказывается стерильной, то есть не способной дать потомство, а это характерно для межвидовых гибридов. Бэтсон заключил, что его голландский коллега работал не с чистыми линиями, а с гибридами: в их потомстве идёт «выщепление» рецессивных признаков. То, что де Фриз считал спонтанной мутацией гена или группы генов, могло оказаться проявлением рецессивных генов, подавленных у родительских форм.
Этим возражениям поначалу не придавали значения, но в 1913 году, как раз во время пребывания Вавилова в Мертоне, были опубликованы результаты работ, в которых доказывалась гибридная природа энотеры. Мутационная теория, как не подтверждённая фактами, была отвергнута. Позднее выяснилось, что лишь на время, но в тот момент концепция Бэтсона восторжествовала.
И неизбежно... пришла в столкновение с дарвинизмом. Отбор может направлять эволюцию, если в природе возникают новые признаки организмов, а значит, и гены, которые их порождают. Неизменяемость генов ограничивала эволюцию. Чаша весов с тоненькой работой Менделя снова грозила перевесить многотомные труды Дарвина. Потребовались годы, чтобы утвердилась простая истина: труды Дарвина и Менделя должны лежать на одной чаше весов эволюционного учения.
Пока эта истина не утвердилась, Николай Вавилов взвешивал все «за» и «против», не считая для себя возможным примкнуть ни к сторонникам, ни к противникам теории мутаций.
В феврале 1914 года Вавилов присутствовал на собрании Линнеевского общества в Лондоне, когда с докладом выступил другой голландский ботаник — Ян Паулус Лотси. Название доклада было сенсационным: «Происхождение видов путём гибридизации».